30 января 2003 года, в соответствии с распоряжением МПС России №109р "О совершенствовании структуры управления ведомственной охраной Министерства путей сообщения Российской Федерации" при МПС России создано федеральное государственное предприятие "Ведомственная охрана Министерства путей сообщения Российской Федерации", а на железных дорогах вместо служб ведомственной охраны - 17 филиалов указанного предприятия.

Приказом Федерального агентства железнодорожного транспорта от 20 мая 2005 года №19 Федеральное государственное предприятие "Ведомственная охрана Министерства путей сообщения Российской Федерации" (ФГП ВО МПС России) переименовано в Федеральное государственное предприятие "Ведомственная охрана железнодорожного транспорта Российской Федерации" (ФГП ВО ЖДТ России).

Федеральное агентство железнодрожного транспорта

Министерство транспорта Российской Федерации